とある夜ニューメキシコ州のある場所で天文物理学者のジェーン・エリックとジェーンの助手はオーロラの観測をしていた。そのオーロラはかすかなオーロラなんてものではなく地上に何かが落ちる様なものだった。
そしてちょうど何かが落ちたあたりにどこからともなくやってきた1人の男が気絶した状態で発見される。
紀元965年のノルウェー・トンスベルク。
この世界には自分たちだけではなく神々が住んでおり、恐ろしいものも存在していると人間たちは知っていた。そのとき地球にも氷の国からやってきた者によって氷漬けされそうになった。
しかしそこにオーディンという男がやってきて氷の者たちをやっつけ、地球は守られることになった。
氷の巨人からはそいつらの力の源だった氷の箱を奪い取り、戦いを終えたオーディンたちは故郷であるアスガルドへ戻る。
アスガルドの存在は宇宙に平和をもたらし地球にも伝説として語り継がれる。
オーディンはソーとロキにこれを語った。
ソーはこの宇宙を戦って守る!というがオーディンは「戦わずして平和であることも大切」という。
~それからソーが大人になった後~
アスガルドでは王位継承式が行われていた。オーディンはソー・オーディンソンを次期王に任命することにしたようだ。
ソーにはムジョルニアという死にゆく星の心臓で作り上げられた強大な武器を与えられた。
ソーが王位を継ごうとした直前地下の宝物庫に氷の巨人が現れる。氷の巨人はかつて奪われた氷の箱を奪い立ち去ろうとしたが、オーディンはそれを察知して破壊神デストロイヤーを呼び巨人を殲滅する。
オーディンは宝物庫から物を奪われず平和でよかったと言う。さらにヨトゥンヘイムの王であるラウフェイとも休戦協定を結んでいるとも言った。
これに対してソーは箱を奪われようとしたわけで相手は戦争を仕掛けてきている!と主張する。オーディンはソーにお前ならどうする?と問うが、ソーは戦争で解決すると言い、オーディンの意見とは食い違うものだった。
ソーは怒りを覚えていた。ロキも兄であるソーの意見に賛同していた。ソーはヨトゥンヘイムに行き敵を攻めると言い出し、シフ・ヴォルスタッグ・ホーガン・ファンドラルと共に行くことになる。
6人は虹の橋の門番であるヘイムダルに説得しようしたが、ヘイムダル自身が巨人の侵入経路がわからず興味があったようで説得する必要もなかった。
そしてヘイムダルはヨトゥンヘイムへのゲートを開いて6人はヨトゥンヘイムにたどり着く。
ソーはそこでラウフェイに対して「アスガルドへどうやって侵入した?」と聞き、ラウフェイは「オーディンの館は裏切り者だらけ」と答える。
ラウフェイは「戦争しに来たのか和解に来たのかと問う」。これに対してロキは和解を飲みソーを抑えて帰宅しようしたが、ソーがラウフェイの挑発に乗ったことで戦闘が始まる。
戦いが続いたころにラウフェイは氷漬けにしていた巨大な魔物を目覚めさせたことで6人は追い詰められ絶体絶命のピンチになってしまう。
ソーは魔物を倒したものの周りには氷の兵が集まる。そこにオーディンが現れてソーを一喝するとラウフェイに平和的解決を求めた。
ラウフェイはそれを断ったが、オーディンは6人を連れてアスガルドへ戻る。オーディンとソーは口論になる。
オーディンは平和的解決を望み、ソーは戦争なくして国は守れない意見だったため対立する。
オーディンはソーを王にしようとしたことを悔いてソー自身からムジョルニアと力を取り上げ、ハンマーとともに地球に追放した。
ソーが地球で目覚めると目の前に天文物理学者のジェーンら3人がいた。ソーはそのまま病院へと連れていかれることになる。その頃別の場所にハンマーが降ってきた。
ソーは病院でも暴れたものの薬の力で沈められる。
ニューメキシコ州のある場所ではハンマーが発見されていた。
ジェーンらは観測したオーロラがワームホールであり、よその世界に繋がる扉ではないかと推測した。
ソーは病院で拘束されていたが、ジェーンたちが病院に彼に会いに行くとそこにはすでにいなかった。しかし車を運転しようとしたらすぐ後ろに現れであった時のように轢いて気絶させてしまう。
ハンマーが落ちた場所ではバーベキューが開かれていた。その傍らでハンマーを持ち運ぼうとしていたが、誰もそのハンマーを持ち上げることは出来ず、車の力を使っても動きもしなかった。
そこにシールドのコールソンが現れてどこかと連絡を取りはじめる。
アスガルドではソーについていった5人が行かせるべきではなかったと話していた。ヨトゥンヘイムに行ったことがバレた理由はロキがオーディンに告げ口したからだったと判明する。
これについてロキはソーを妬んでいたし氷の箱を盗ませるために巨人を読んだ可能性もあるのではないかと疑心暗鬼になってしまう。
ロキは氷の箱を持ち上げ光悦な表情をしていると、オーディンが現れる。ロキはオーディンに対して「私はだれの子供なのか」と問うと、オーディンはロキがラウウェイの子供であり、連れて帰ってきたと答える。
それはロキを通じてラウウェイと平和的な対話を求めるためだった。ロキは真実を知ったことで言葉を荒げていたがオーディンはそこで倒れてしまう。
ソーがレストランでジェーンたちと食べていると、そこにハンマーの場所でバーベキューをしていた人たちが現れて衛星が墜落したところにお役人が来たと話す。
衛星は凄い重くて誰も持ち上げられなかったということを聞いたソーはそれがムジョルニアではないかと思い、そこへ向かうことにした。
ソーは車でハンマーの場所に連れていってくれるならジェーンたちに何でも疑問を答えてやると言ったもののそれは結局断りしばしお別れになる。
するとジェーンの車が何者かに盗られてしまう。そこにシールドのコールソンが現れ、観測データを調査するため差し押さえると言い出した。
結局シールドはジェーンの観測研究データを全て押収して去っていった。
ジェーンの仲間は、知り合いのガンマ線研究者のもとにもシールドのやつらが現れてそれ以来行方不明だと言う。
そのころアスガルドではロキがオーディンの座るはずの王座に座り、「自分が王だと言う」。オーディンは寝ているようだ。
ソーとヨトゥンヘイムに行った仲間はソーの追放を解除するようにお願いするが、ロキはそれを断る。
ソーが移動手段のためにペットショップで馬が欲しいと言ったところにジェーンが現れてソーを車に乗せてハンマーのある場所へ向かうことに。
ソーはジェーンが探しているのが虹の橋だと言ったりするがジェーンは信用する様子ではなかった。
ロキはオーディンが眠るなら母に真実をなぜ隠していたのか問うたりしていた。
ハンマーのあった場所にはシールドが建造物を建てて囲んでいた。
ソーとジェーンは近くに来ており、ソーは単身で建造物へ侵入を図る。
シールドの警備を倒してムジョルニアの元にたどり着いたソーはハンマーを持ち上げようとしたが持てなかった。
ソーはそのまま無力になり素直に捕まってしまう。
ジェーンらは本でムジョルニアなど神話の話を確認していた。
ソーはコールソンからシールドの警備を破ったことに対して「君はだれでどこから来たのか」を問い詰めていた。
何も答えないソーのもとにロキが現れる。ロキは父オーディンが死んだことをソーに告げ、自分が王座に就いたと言う。
ソーはアスガルドに戻っていいか聞いたものの、ヨトゥンヘイムとの休戦条件はソーの追放だったためそれは許されなかった。
ロキはムジョルニアを持ち上げようとしたがそれは出来ず、そのまま去っていった。
シールドの元にジェーンの仲間が現れて色々と嘘をついて連れて帰ることに成功、しかしコールソンは尾行をつけていた。
ジェーンの仲間はソーと会話してこの場所から去るように言いつつ飲み明かした。
ロキはラウフェイの元に訪れていた。王位継承式の日に氷の巨人が宝物庫に侵入したのはロキの仕業だった。
また、ロキはラウフェイをアスガルドに呼ぶ手引きをしてオーディンを亡き者にしろと頼み、自身は王となりラフウェイはオーディンを倒せるということで2人は同意する。
なんでも見通すヘイムダルはロキの行動も覗こうとしたがなぜか出来なかったため、ロキを疑う。しかしロキは俺に忠誠しろといいヘイムダルは同意する。
ソーとジェーンの仲間は飲み明かしたあとジェーンの住まいに来ていた。ジェーンの仲間は酒に溺れていた。
ソーとジェーンは外で会話していた。さらにソーはジェーンの研究データを密かに取り返しておりそれを返す。
ソーは全てを奪われたジェーンに対して諦めるなと言い、宇宙などの話をしてアスガルドから来たことを説明する。
ソーの仲間らはこの現状を危惧して地球に行こうとしていた。ヘイムダルはこれに対して王の命令には背けないと言いつつゲートを明け渡して4人は地球へ向かう。
これを見ていたロキは破壊神デストロイヤーを地球に派遣し、ソーを亡き者にしろと命令する。
ソーの仲間はソーと再会してアスガルドに帰ろうと言う。しかしソーは父が亡くなったのは自分のせいだと言って帰る気はないと答える。
しかしオーディンは生きていると聞き表情を変える。
ロキは虹の橋を開けるなという命令に背いたヘイムダルを門巻から解任し、ヘイムダルはロキに不信感を寄せていたため攻撃を仕掛けたものの氷の箱の力で氷漬けにされてしまう。
地球には破壊神デストロイヤーが到着していた。デストロイヤーにシールドの人員が問い詰めようとしたが攻撃を受けてしまう。
さらにデストロイヤーは町を破壊し始める。ソーらはデストロイヤーを引き付けて倒そうとしていたが、その強さに太刀打ちできずにいた。
ソーは仲間にロキを説得するためにアスガルドへ帰還しろと言い残し、自身がデストロイヤーと対峙する。
ソーはデストロイヤーを通してロキに「自分の命と引き換えに終わりにしろ」と言ってデストロイヤーの攻撃を受ける。
ソーがそのまま意識を失っているとムジョルニアが動き出してソーのもとへ飛来し、力を取り戻した。
力を取り戻した雷神ソーはデストロイヤーを倒す。ソーはそのままアスガルドへ帰還しようとしたがゲートが開かない、さらにそのときにはロキによって氷の巨人たちが襲来していた。
そのときヘイムダルは氷結状態から復活して敵を倒し、ゲートを開けてソーらはアスガルドへ帰還する。
ラウフェイはオーディンを亡き者にしようとしたが直後ロキがラウフェイを倒す。
ソーもそこに到着して地球にデストロイヤーを送り込んだことなどを問い詰める。しかしロキはヨトゥンヘイムを滅ぼしに行くと言い残してソーに攻撃して逃走する。
ロキは開き続けるリフレストを利用してアスガルドを破壊しようとしていた。
その狙いはオーディンに自分自身を認めさせたいという欲求によるものだった。
また、ロキはソーと対等になりたかったとも言い戦いを挑み始める。
ソーは暴走するリフレストを見て虹の橋を破壊することでその暴走を止める。
ソーとロキは虹の橋から落ちかける。目覚めたオーディンはロキを救おうとしたが、ロキはそれを断るように奈落の底へ落下していった。
アスガルドにはラウフェイが倒されたことやロキがいなくなったことで平和がもたらされた。
ソーは自分にはまだ王とはなりえないことをオーディンに話していつしか父の誇りに思えるような人間になれるように誓う。
虹の橋が壊れたことで地球への道は閉ざされているが、まだ希望はある・・・?
エンド後
ソーはアベンジャーズで戻ってくるという言葉が流れる。
セルヴィグ博士はニックフューリーに呼ばれてシールドの拠点に来ていた。
博士はフォスター理論という別次元へと結ぶことが出来る研究について称えられる。
ニックは氷の箱を見せるとこれはパワーだと言って使い道があれば・・・と模索しているようだった。
そこになぜか亡くなったはずのロキが現れ「調べてみる価値はあるな」というと博士も操られているかのように「調べてみる価値はあるな」と言う。
終わり。
ゲートってなに?氷の巨人とは?氷の巨大な魔物とは?オーディンの片目。ホークアイ。ソーが力を取り戻した理由