ペルーにあるジャングルでの一幕。
小さな女の子のドーラといとこのディエゴはとても仲がよく、ドーラの親友の猿ブーツと共にたびたび冒険しています。
ドーラの両親であるコールとエレナは教授をしており、今日は子どもたちと夕食を楽しんでいる様子。
そんななか両親は、ドーラにパラパタの伝説について教えました。なんでも失われたインカ帝国の都市には、偉大な宝が眠っているというお話です。
興味を持つドーラに対し、両親はお金や宝よりも都市の歴史について詳しく知りたいという願望を持っていました。
それから時が経ち、いとこのディエゴが自宅に帰る時間がやってきます。ドーラとディエゴはお互いに寂しかったものの別れの挨拶を交わしました。
二人は別れますが、ドーラは遠くなるディエゴの乗る車を追いかける描写がされます。
10年後。
成長したドーラは今でも明るく冒険心の強い性格をしています。
あるときドーラと猿のブーツはピグミー像に追いかけられたりワニに遭遇したりしながらも、インカの彫刻が残された洞窟を発見。パラパタの伝説に繋がりがあると思われる黄金のトーテムを見つけました。
その過程で大きな裂け目を飛び越えようとして失敗したため落下したものの、ドーラは無傷。それからブーツはドーラの両親を呼びます。
そこにいたみんなは、その場所にパラパタの伝説の場所に行く手がかりが眠っていると確信していました。
そのいっぽうで、ドーラの両親は娘をディエゴが通う学校に行かせて普通の暮らしをさせようと考えています。
ドーラはその話にがっかりしたものの、結局両親に合意。お猿のブーツとも離れ離れになりました。
両親のもとを離れたドーラはディエゴのいる都市に到着し、そこらへんの人々に挨拶して回ります。それから叔父と叔母を見つけディエゴに興奮した様子で挨拶。ただディエゴは以前と比べるとよそよそしい感じの性格に変わっていました。
それからディエゴと一緒の学校に通い始めたドーラは、色々な出会いや発見をします。まず初めに遭遇したのは金属探知機。ドーラはカバンのなかに発煙筒やナイフ、医療グッズやヨーヨーを入れていたものの、持ち込みできないため空にしました。
学校では、ディエゴの友人たちとも遭遇。サミーは頭のよい生徒でディエゴも尊敬の念を持っています。ランディはオタクっぽい性格で、ドーラと会ってすぐにお気に入りになった様子でした。
授業が始まると、ドーラはモビーディック(白鯨)に関する質問を先生から受けます。その質問に対してしっかりと答えられたドーラ。その様子を見たサミーはたいそう驚いていました。
ドーラは学校生活に慣れていくうちに、友人との接し方も学んでいき親しみやすい性格に変わっていきました。両親とも連絡を取り合うよう努めていましたが、いつしか返事がなくなります。
それからドーラは冬のダンスパーティに参加。そこでみんなが知っている俳優・有名人などの格好をして盛り上げました。ディエゴも誘って場を盛り上げようとしたものの、ディエゴ自体はそういったことが好きではなく恥ずかしい様子です。
結局ドーラはディエゴに変わり者呼ばわりされたことで酷く傷つきます。それからドーラはアブエリタ・バレリーのもとへ行きました。
その翌日、学校のクラスは博物館の見学に行ってごみの清掃をすることになります。そこでドーラとディエゴ、サミーやランディは一緒に行動することになりました。
そこでドーラは、警備員から助けを求める電話を受信。ドーラたちは博物館の倉庫に向かい、そこでパウエルと名乗る傭兵に遭遇します。
パウエルはほかの警備員と共に、ドーラたちを捕まえて木箱に監禁。どうやらパウエルたちはパラパタの宝を狙っているようで、ドーラを彼女の両親のところに連れていくことで人質か何かにしようとしている模様です。
ドーラたちは檻の中で目を覚まします。ドーラはそこで持っていたナイフを使って檻を開けてみると、そこはペルーのどこかでした。またそこで、うちの両親と一緒に働いていたことがあるというアレハンドロ・グティエレスという男性に遭遇。
アレハンドロが子どもたちを逃したところ、パウエルや仲間が気づいて追ってきます。その過程でパウエルはキツネのスワイパーに命令。
スワイパーはドーラのカバンから地図を盗みます。それからアレハンドロは子どもたちを助けようと車で発進。
パウエルたちが追ってくるなか、アレハンドロらは作物畑のほうに隠れます。
ドーラが両親を心配していることとペルーに来たということもあり、みんなで両親を探そうと決めた一行。そこでまずはアレハンドロの運転する車に乗って進んでいきますが、発見したコールとエレナの車には誰も乗っていませんでした。
それからみんなでジャングルを歩行。その最中にはドーラがインカにまつわる知識を披露したり、アレハンドロはパラパタの伝説の場所で保護する役目を負っているとされるロスト・ガーディアンズに関する話をしたりしています。
遂にドーラたちはコールとエレナのキャンプ地を発見。しかしそこにも両親はおらず、破壊されたように荒れた状態でした。ただ、いくぶんか前に別れたお猿のブーツがいたためドーラは久しぶりの再開を果たします。
両親を心配したドーラたちは、パウエルよりも早く追跡してコールたちの安全を確保しようと努めます。
ドーラたちは歩き続けているため、なかには疲労している者も出てきます。気を紛らわそうと歌をうたうこともありました。
そんななか、どこからともなくロスト・ガーディアンが矢を放出。ドーラたちはパニックになりながらも逃げ、途中で坂を転げ落ちてなんとか助かります。
ただ疲労もあって、現場の雰囲気はよけありません。そこでディエゴが苛立ちを抑えきれないサミーに話しかける様子を見て、ドーラはディエゴがサミーに恋してるのではと考えました。
ドーラたちがジャングルを進んでいくと、丁度パウエルの仲間たちを発見。バレるかと思いましたが、ブーツが工作したおかげでなんとかやり過ごします。
またパラパタに行く場合は古いオペラハウスの廃墟を通る必要があったのに対し、パウエルの仲間たちはその反対に進んでいたため両親も安心できるとドーラは考えました。
それからドーラたちが進んでいくと、大きな流砂に遭遇。何人かが流砂に飲まれつつドーラはそれを救助します。
ただパニックになったアレハンドロだけ流砂に飲まれてしまいます。
しかし岩の下からアレハンドロの足が見えていたため、特に何ということもなく救助できました。
ドーラたちはどこかのおばさんに遭遇し、自宅に案内されます。そこでパラパタのお話をしたところ、態度が急変。おばさん曰くパラパタを見つけようとすると、グループのなかから死人が出るだろうとのことでした。
それからおばさんはドーラたちを家に帰すため、道案内をすると申し出。しかしドーラは両親を探し出す目的があるため、ディエゴとアレハンドロと共に先に進みます。いっぽうランディとサミーはおばあさんについていく事になりました。
ランディたちがおばあさんについて行ってボートに乗ろうとしたところ、ある事実が発覚。おばあさんの手首にはロスト・ガーディアンが撃ってきた矢と同じシンボルがありました。
身の危険を感じたランディたちは逃走をはかり、ドーラたちに警告するべく追いかけます。
ドーラたちは歩いていると、大きめな花に遭遇しました。またアレハンドロがその花にちょっかいをかけたところ、胞子のようなものを放出。
たちまちドーラたちは幻覚を見ている危険な状態に陥ります。それからドーラとディエゴはなんとか意識を維持しつつ道を進み、追ってきたサミーやランディと合流。
ドーラたちはキャンプファイヤーを取り囲みながら物思いにふけます。
正気を取り戻してから先に進んでいったドーラたちは、途中で地面に落ちて水面に行き着きました。それからランディが近くのレバーを押したところ、水面が上昇。
水位の上昇により溺れる危機に遭遇したものの、一人が潜って水を逃がすためのハッチを開けることに成功。そのまま水と一緒に川へ排水管から放り出されたため、事なきを得ます。
川を上がると、ドーラは両親と再開を果たしました。感動の再開もつかの間、ドーラたちがアレハンドロについて両親に質問。するとどうやら両親はアレハンドロを知らないらしく、利用されていたことが発覚します。
アレハンドロもまた傭兵を連れてきており、パウエルと対して変わりませんでした。
ドーラたちはパラパタを遠方から発見したものの、入るためには入り口を探す必要がありました。ブーツは子どもたちをロープから解き放ち、ドーラはヨーヨーを使用。
それからドーラは坂を転げ落ちつつ、自分が仲間たちを冒険や混乱に巻き込んでしまったことに罪悪感を感じます。
対してブーツはドーラに励ましの言葉を捧げました。落ち着いたドーラは！仲間たちと共に両親を取り戻すべく立ち上がります。
道を進んだドーラたちは、パラパタに通じる門を発見。そこにはスワイパーとパウエルが監視役としていたため、ドーラは黄金の毒ガエルを投げつけて敵を無力化しました。
地面を見てみると、月明かりがタイルを照らしているのを発見。なかにはタイルの明かりが点灯したままになっている部分もあり、星座を動物に合わせて門のレバーを引いてみます。すると扉が開きました。
パラパタの内部に潜入したドーラたちを待っていたのは、殺めようとする罠の数々。サミーが蜘蛛に驚いた際にはトゲがつい天井が落ちてきたり、ボタンのようになっていたタイルを誤って踏んだときは床が滑り落ちて槍に刺さりかけたりします。
いずれにしても罠はなんとかくぐり抜けていき、パラパタの奥へと進んでいきました。
ドーラたちは遂にパラパタの宝物に遭遇したものの、得るためにはなんらかの試験を乗り越える必要があると考えます。
アレハンドロが遅れて現れたあと、ドーラはインカの碑文を読み上げ。そこには黄金の猿のトーテム像があり、インカ人が高く評価していた贈り物を猿に渡す必要があると判明しました。
そこでアレハンドロはお金こそふさわしいと思い、金貨を猿の手に設置。しかし誤りだったようで、アレハンドロの足元の床が崩れて下に落下します。
それからロスト・ガーディアンとエレナ、コール、老婆が出現。ロスト・ガーディアンが手を上げると、本物の姿が明らかになりました。ロスト・ガーディアンはカウィラカというものです。
ロスト・ガーディアンはそのあと、アレハンドロを捕虜のように閉じ込めたのと同様、ドーラたちも捕まえようとします。ただその前にドーラたちは、パラパタの宝物が欲しいのではなく知識が欲しいのだと言いました。
そのあとはお猿のトーテムの手に水を提供。すると今度は床が落下せず、パラパタの本物の宝物が明らかになります。
そこで狙ったかのようにキツネのスワイパーが登場し、猿のトーテムを奪取。パラパタの建造物が崩壊し始め、ドーラたちは逃げることを余儀なくされました。
ただ、お猿のブーツがスワイパーを倒してトーテムを元に戻したことで、事なきを得ます。
それからコールとエレナは娘の勇気を尊敬。ディエゴとサミーは両想いというお互いの気持ちを認め、キスを交わしていました。
冒険が終わると、ドーラは両親の家に戻って夕食を楽しみます。そんななか、コールとエレナはドーラを冒険に連れていきたいと招待。
ドーラは冒険に興味を持ちますが、いまやディエゴやサミー、ランディなど友達がたくさんいる状態。そこでドーラは、冒険には行かず友達を優先することにします。
ドーラが去ったあと、両親は悲しそうな表情を浮かべていました。
クレジット映像では、ドーラとディエゴ、サミーやランディとクラスメイトたちが、学校で歌ったり踊ったりしています。
いっぽうお猿のスワイパーはコールとエレナに近づきトーテムの奪取を模索。しかし気づかれ、「Swiper, no swiping! (Aw man!)」と言われていました。
